校友会有决策机构（由会长、副会长、年级理事、推选理事组成），有日常执行机构（南开物理校友会秘书处），并有各个区域和行业的专委会、俱乐部、微信群等。现有官方大群3个，各领域和区域和行业群若干。

现任会长79级刘亦方系友；执行会长兼秘书长01级崔楠系友；副秘书长10级张诚。南开物理校友会组织了各种品牌活动包括：每年一次的物理代表大会、物理校友年会以及月度的《物理大师兄来了》在线论坛等，通过活动更好的展现系友风采。